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ingex TGIRT10說明書

 更新時(shí)間:2021-06-10 點(diǎn)擊量:1243

InGex.com 是 Ingex, LLC. 的總部,也是TGIRT™-III 獨(dú)立酶和TGIRT™ 模板轉(zhuǎn)換 RNA-seq 試劑盒的授權(quán)銷售商。

 ingex TGIRT10說明書

TGIRT™-III 酶

197.00 美元
 
 

單位定義:

  • 一個(gè)單位的 TGIRT ® -III 逆轉(zhuǎn)錄酶 (RT) 活性是使用 poly(rA)/oligo(dT) 42作為底物在 60°C 下在 1 分鐘內(nèi)聚合 1 nmole dNTP 所需的酶量。

酶濃度:

  • 200 單位/微升

酶儲(chǔ)存緩沖液:

  • 20 mM Tris-HCl (pH 7.5)、500 mM KCl、1 mM EDTA、1 mM DTT、50% 甘油

酶特性和新活性:

  • 比逆轉(zhuǎn)錄病毒逆轉(zhuǎn)錄酶具有更高的熱穩(wěn)定性、持續(xù)合成能力和保真度,允許從高度結(jié)構(gòu)化或高度修飾的 RNA (例如 tRNA)和包含富含 GC 重復(fù)擴(kuò)增的 RNA合成全長(zhǎng)、端到端的 cDNA 。1-9,12,15,18
  • 新型端到端模板轉(zhuǎn)換活動(dòng),可在逆轉(zhuǎn)錄過程中連接 RNA-seq 或 PCR 接頭,無需單獨(dú)的 RNA 3'-接頭連接步驟。1這種模板轉(zhuǎn)換活動(dòng)極大地促進(jìn)了鏈特異性 RNA-seq 文庫(kù)的構(gòu)建,與使用隨機(jī)六聚體引物或使用 RNA 連接酶進(jìn)行接頭連接的程序相比,偏差更小。1,7,8
  • 從退火引物高效合成 cDNA。退火引物的預(yù)測(cè) T m應(yīng)大于 60 o C。建議將酶與反應(yīng)混合物中的底物在室溫下預(yù)孵育 30 分鐘,并通過添加 dNTP 開始反應(yīng)。新應(yīng)用的最佳條件應(yīng)通過測(cè)試 25 至 450 mM NaCl 的鹽濃度范圍來確定。

酶的建議用途:

1. 全面的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組分析。8

2. 全細(xì)胞、外泌體、血漿和其他無細(xì)胞 RNA 的 RNA-seq。7、8、15

3. miRNA、tRNA 和其他小的非編碼 RNA 的分析。1-9,12,15

4. RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP 和 CRAC,??用于表征 RNA-蛋白質(zhì)相互作用和核糖體分析。1,10,11

5. 通過高通量測(cè)序鑒定 RNA 堿基修飾。4、5、13、14

6. 使用 SHAPE 和 DMS 修飾等方法進(jìn)行全基因組或靶向 RNA 結(jié)構(gòu)映射。1,16

7. 富含 GC 的重復(fù)擴(kuò)增的逆轉(zhuǎn)錄和定量。18

8. 長(zhǎng) cDNA 的合成。1

9. RT-qPCR。1

10. 單鏈 DNA 序列。17

11. FFPE腫瘤樣本分析(咨詢InGex技術(shù)支持)。

酵素的優(yōu)點(diǎn):

1. 全面的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組分析。

與非鏈特異性 TruSeq v2 相當(dāng)且優(yōu)于鏈特異性 Tru-Seq v3,TGIRT®-seq 的 ribodepleted、碎片化通用人類參考 RNA 樣本概括了人類轉(zhuǎn)錄本和摻入的相對(duì)豐度。TGIRT®-seq 明顯比 TruSeq v3 更具鏈特異性,并消除了 TruSeq 固有的隨機(jī)六聚體引發(fā)的采樣偏差。與 TruSeq 相比,TGIRT®-seq 顯示出更均勻的 5' 到 3' 基因覆蓋并識(shí)別出更多的剪接點(diǎn)。TGIRT®-seq 能夠同時(shí)分析同一 RNA-seq 中的 mRNA 和 lncRNA 作為結(jié)構(gòu)化的小 ncRNA,包括 TruSeq 數(shù)據(jù)集中基本上不存在的 tRNA。8

 

2. 全細(xì)胞、外泌體、血漿和其他細(xì)胞外 RNA 的 RNA-seq。

快速處理時(shí)間(通過 PCR 步驟構(gòu)建 RNA-seq 文庫(kù)<5 小時(shí));需要少量 RNA(低 ng 范圍);全面的轉(zhuǎn)錄譜,包括 mRNA 和 lncRNA 以及小 ncRNA,包括 tRNA、pre-miRNA 和其他結(jié)構(gòu)化小 ncRNA 的全長(zhǎng)讀數(shù);比傳統(tǒng)方法更少的偏見和更高的鏈特異性。7、8、15

3. 在 RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP、CRAC、核糖體分析等方法中,通過 TGIRT® 模板切換構(gòu)建 RNA-seq 文庫(kù)。

快速處理時(shí)間(通過 PCR 步驟構(gòu)建 RNA-seq 文庫(kù)<5 小時(shí));需要少量 RNA(低 ng 范圍);不需要 RNA 連接酶,程序中的步驟更少,偏差更小,效率更高。1,10,11

4. 比逆轉(zhuǎn)錄病毒 RT 具有更高的熱穩(wěn)定性、持續(xù)合成能力和鏈置換活性。

  • 使用錨定 oligo(dT) 引物構(gòu)建多腺苷酸化 RNA 的 RNA-seq 文庫(kù),其 5' 到 3' 覆蓋率比沒有核消耗步驟的逆轉(zhuǎn)錄病毒 RT 更均勻。1
  • 通過毛細(xì)管電泳的基于的方法狀或DMS結(jié)構(gòu)映射以使RNA結(jié)構(gòu)映射顯著升onger閱讀長(zhǎng)度和過早停止比逆轉(zhuǎn)錄病毒RT更少。1,16
  • 能夠分析包含富含 GC 的重復(fù)擴(kuò)增的 RNA 模板。18
  • 能夠從 tRNA 和其他小型結(jié)構(gòu)化/修飾的 ncRNA 合成全長(zhǎng)、端到端的 cDNA,這些 ncRNA 對(duì)逆轉(zhuǎn)錄病毒 RT 無效。4-9,12-15     

5. 人血漿和大腸桿菌 基因組DNA 的ssDNA-seq 。

通過直接在 DNA 鏈的 3' 末端啟動(dòng) DNA 合成,同時(shí)連接 DNA-seq 接頭,無需末端修復(fù)、拖尾或連接,從而以更簡(jiǎn)單的工作流程捕獲精確的 DNA 末端。能夠分析核小體定位、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)、DNA 甲基化位點(diǎn)和起源組織。17